Tahun 2006 Thunder 125 Diperbarui
Pada tahun 2006, seiring dengan makin meningkatnya peminat motor ini Suzuki melakukan pembaruan pada Thunder 125.
Pembaruan yang dilakukan pada sisi desain, yakni desin striping, desain speedometer baru dan juga adanya kick starter.
Sementara untuk mesinnya sendiri masih sama dengan model sebelumnya. Suzuki tidak memberikan pembaruan apapun di bagian mesin.
Tahun 2008 Thunder 125 Alami Facelift
Pada tahun 2008, kembali Suzuki Indonesia mengadakan gebrakan baru untuk Thunder 125. Dimana tampilan naked sport ini jadi semakin elegan, meski tidak meninggalkan gaya klasiknya.
Desain striping kembali diperbarui dengan kombinasi dua warna, desain speedometer kembali diperbarui dan adanya penambahan fitur di sektor mesin.
Pembaruan pada sektor mesin dengan menambahkan PAIR System (Pulse Secondary Air System). Dimana dengan hadirnya fitur ini, emisi gas buang Thunder 125 jadi semakin ramah terhadap lingkungan.
